「超能干探」描写两位至交好友，陈一贤(郭晋安饰)及方志强(刘锡明饰)，两人至同道合一起考进了警察学校，后又分发到同一单位服务。
强生性善良没有心机，但处事有原则，不愿随波逐流，因此屡遭局内同僚排斥。而好友贤则恰相反，他聪明机伶，做人有手腕、心机深，起嫉妒心重，为了名利不择手段，因此很受同事长官器重。
一次，强在缉捕行动中受伤，子弹贯穿心肺之间，奇迹式的存活下来，但却从此产生了「超能力」。强连自己也不太能理解为什么能够「以眼代手」、「移形换影」或「电磁效应」。幸有一位奇人沈节(谷峰饰)，教强控制自己的超能力。
强与贤在一次缉捕歹徒的行动中，惊险万分，贤不慎受枪伤，而强则在危机中，不知不觉的使用了超能力逮捕获歹徒，强因而升职。
阮雯原为贤之女友，她一心一意守在贤身旁，但贤却因自私多次冷落阮雯，令阮雯若有所失。强自小暗恋雯，乃不时给予鼓励；雯不受贤重视，找强倾吐，两人爱苗渐滋生。
贤嫉妒强的升职，雯又向贤提出分手，并坦言爱上贤，贤因此更加愤恨。强被长官指派为诱饵，险象环生中又以超能力捕获歹徒，此时，高人石龙(王龙威饰)出现，以高强的功力将歹徒灭口。
贤亲眼目睹石龙的超能力，乃告知强，强一时大意，将子己拥有超能力之事坦言告之；贤乃求见沈节，沈节一眼看穿贤心术不正，劝他勿接近石龙，以免误入魔道。
但贤因公事不顺遂，巧遇石龙，石龙引诱他做徒弟，贤名利薰心，开始向石龙学习超能力。
马凤儿(彭家丽饰)因偶然的机会，认识了强的母亲关静红(苏杏璇饰)，两人颇为投缘，红不但将凤儿带回家，并要强照料凤儿。凤儿刁钻活泼，初时常捉弄强，但逐渐了解强的忠厚后，渐爱上强。贤因得知凤儿显赫的身世，利用强结识凤儿，贤渐对凤儿产生情愫，但凤儿却对贤没感觉，唯对强情有独钟。而雯虽屡遭凤儿言语及行动骚扰，却始终默默忍受。
贤与强被分为不同的二组，共同打击犯罪。但两组组长处事不合，导致两组人马处处抢功；在共同追查一桩重大刑案时，石龙因参与其中，龙要胁贤干出杀人勾当，自此，贤身陷魔道而不能自拔。
强之师父沈节原是大陆公安，来港为逮捕超能力高人石龙回大陆受审。强在不屈不挠的追查下，真相逐渐被解开，正当他掌握罪证据，却被石龙拦截，龙正要向强下毒手时，幸好沈节赶到，虽打走了龙但却身受重伤。凤儿也为了救强而牺牲了生命。
贤怕自己的事迹败露，不断以超能力杀人，并设计陷害强，强虽知贤种钟恶行，但顾念往惜情谊，不愿与贤决裂。
龙见贤事迹败露，认为贤已无利用价值，欲杀贤，幸得强与节搭救。贤不知悔改，反而悟得更深之魔法，将石龙除去，并做恶不断。
强忍无可忍，故意将雯遣至美国，并将红送回乡下，在无后顾之忧后，痛下决定和贤展开一场生死大对决.....。